DNAの抽出(Proteinase K method)
簡単、迅速にゲノムDNAを抽出するメソッド第二弾です。 ジェノタイピング(genotyping)などの操作を行う際にゲノムDNAの抽出作業が必要になりますが、この操作を知っていると少し楽になるかもしれません。
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消化管
秋田大学のyoutubeチャンネルが〜人体のふしぎ〜というテーマで大変わかりやすい映像を作製しております。 今回はそのうちの一つである、消化管に焦点をあててみたいと思います。 消化管はいわゆる消化器系の一部で、口から摂取した食物の通り道です。 みなさんが普段食べている食べ物は消化管の中を長らく旅して、 最後には便として排出されます。
DNAの抽出 (Hot-shot method)
簡単、迅速にゲノムDNAを抽出するメソッドです。 ジェノタイピング(genotyping)などの操作を行う際にゲノムDNAの抽出作業が必要になりますが、この操作を知っていると少し楽になるかもしれません。 proteinase K(proK)で一晩とかした後にフェノール・クロロホルム(フェノクロ精製)を用いてDNA精製をする方が一番スタンダードな抽出方法ではないでしょうか？ しかしながら、実験の都合上もっと素早くDNAを抽出してgenotypingを行う必要性がある方もいらっしゃるでしょう。 もしくは、大量のgenotypingを余儀なくされている研究者の方にとっても、フェノクロ精製はメンドクサイものだと思います。 金銭的に余裕のある研究室や共同研などの外部施設が充実してい場合ですと、DNA自動分離装置(クラボウ)などの機械が出ておりますが、根本的な解決には至っておりません。 今回、紹介するのは非常に素早くDNAを抽出でき、しかもローコストなメソッドです。 ですが、完全にキレイなDNAを抽出できるわけでなく、参考文献によると"汚い"DNA精製となっております。
Microsoft Academic Search
Microsoft Academic Searchというサービスがあります。 まだまだ、beta版ということで完璧とはいえませんが、面白いので紹介したいと思います。 このサービス、何が面白いかというと調べたい研究者(もしくは論文)の引用(citation)の変化をグラフで見ることができます。 では、早速、私の大好きなcadherinを例に調べていこうと思います。
1 M Tris-HCl 溶液(pH 8.0)の調整
今回紹介するのはトリス塩酸バッファーの作り方になります。 使用頻度の高い溶液は作っておいたほうが便利です。 Trisの正式名称はトリスヒドロキシメチルアミノメタン（tris(hydroxymethyl)aminomethane、THAM：wikipedia)と呼ばれています。 このTris-HCl bufferがよく生命科学系でよく使われる理由は簡単で、安価で且つ、緩衝液のpHの適応範囲がおおよ7〜9ぐらいと実験 に適しているためです。 しかしながら、wikipediaにも書いてある通り、一級アミンがタンパク質と反応することや、哺乳細胞に対する毒性などがあります。 そのため、必要に応じてHEPES(pH6.8-8.2)などのほうが便利だったりもします。 HEPESを含むGood bufferは知っておいて 損はないでしょう。
科学映像館
科学映像館というサイトがあります。 非常にすばらしいコンセプトのサイトで、昭和の科学映像を無料で公開していこうというものです。 私自信すべての映像を見るには至っていないのですが、小林米作というカメラマンのプロ意識には感動しました。 たとえば「ミクロの世界」という作品をあげてみても、紹介にある通り50年前とは思えないクオリティであります。
imageJで一分子の輝点・粒子の動きを計測・解析する
Particle Trackはとても便利です。 imageJのプラグインのサイトにもいくつか紹介されております。 (これについてもそのうちに紹介したいと思います。) 今回紹介するのは日本発のimageJのプラグインです。
One Body
昨年度末にアップロードされたXVIVOのCGアニメーション「One Body」 私たちの体は何でできているのか、是非見てみてください。
顕微鏡下におけるマウス胚の発生
マウスは実験動物としてよく用いられております。 たとえば交配をかけるにしても、人なら10か月のところがたった20日に満たないほど。 つまり受精後、子供はたった20日で成長し生まれてくるのです。 以下は、マウス胚発生の段階を追った映像です。 最初に出てくる胚はおそらく受精後10日目ほどの胚だと思います(詳しくわかる方がいらしたらご指導お願いします)。 つまり、あと出生するまで10日。その10日間で何が起こるか、どのような変化があるか是非見てください。
水のあれこれ
研究をする上で一番良く使っているものはなんでしょうか。 そして、とてもコストがかかっているものはなんでしょうか。 おそらく、それは水だと私は思います。 みなさんはキレイな水を考えたときにどのようなものを想像するでしょうか？ おそらくは水道水。もしくは、さらに浄水器でキレイにした水あたりではないでしょうか。 生命科学の実験でも水道水を使います。 でも、水道水にはイオンはもちろんのこと塩素が入っていたりすることもあります。 だから、もっとキレイにします。