ライフサイエンスプロジェクト
Ape- A plasmid editor こんなに便利なソフトがあって良いのでしょうか、と思うぐらい便利です。 研究者はGENETYXを利用される方が多いかもしれませんが、Apeはフリー(無料)で使用できます。 しかしながら、GENETYXと違ってアミノ酸配列解析はできないという欠点もあります。 このソフトの一番私が気に入っているのはABIのシークエンサーの波長を読み取ることができます。 ABIのソフトは共通のパソコンに入っているため、夜中などに使いたくても使えないといった問題がありましたが、 このApeを手に入れてからは大分楽になりました。 といっても、正直、私はあまり使わないので、困っていないのですが、他に良い事悪い事などあれば教えてください。 使い方は時間があるときに書こうと思います。 今回はご紹介までに。
imageJにて動画を再生する方法を紹介します。 通常はコマ送りでしか見る事ができませんが、Stackの部分に再生キーが隠れています。 動画の読み込みや作製は以前の投稿を参照してください。 画像の読み込み 連続した画像から動画を作製する では、再生の方法を。。 Image>Stacks>Start Animation これで再生できるはずです。 バックスラッシュでも再生ができるようですが、日本語環境では無理ではないかと。 Image>Stacks>Animation Options... で、再生速度も変更できます。 7 fps (frame per sec)つまり一秒間に7枚の速度で画像が切り替わるのがデフォルトになっていますので、 自由に調節してやってください。 おすすめは10、30もしくは8、24あたりでしょうか。 (一般的な規格がこれぐらいらしい？研究者には関係ないかもしれません。) 他の設定はお任せいたします。書いてある通りです。 こちらで再生速度を調節してから動画を書き出せば安心ですね。
連続した画像から動画を作製する方法です。 至って簡単ですので、覚えてしまいましょう。
imageJにて動画を読み込みましょう。 連続的に撮影している画像があれば、簡単に作製できます。 今回は以下の動画を使用しました。 Cloud_08 こちらの動画は動画素材サイトgdm.netさんよりお借りしてきました。 まずこの動画をimageJのプログレスバーにドラッグしてやりましょう。 最初にこんなウインドウが開くかと思います。 一つ目のにcheckを入れると。。。 8bitのグレースケールになってしまいます。大抵はそのままでいいのではないでしょうか。 二つ目のにcheckを入れると。。。 仮想スタックといって3D画像とかには必要でしょうが、単なるmovieならいらないと思われます。 (私は普段つかわないので) 最後にOKをすると動画が読み込まれます。 連続した写真が連なっている状態です。画像下のバーを左右に動かせばそれに従って画像も動きます。 たった7秒の動画でしたが、なんと215枚も画像が連続していたんですね。(画像左上に表示あり) ここまでくれば自由に編集などができます。
カドヘリン(wikipedia)は細胞接着の分野において大変重要な分子であります。 そして、竹市雅俊博士(wikipedia)によって同定された分子であります。 カドヘリン発見までののプロセスについては、竹市研究室のHPに紹介があります。 気になる方は読んでみてくださればと思います。 一つ目のmovieは培養上皮細胞のカドヘリンをGEPで可視化しています。 細胞と細胞がくっつく際にGFPの緑色が強く濃縮することが確認できると思います。 ２つ目のmovieはカドヘリンが膜に向かってから、 どのように結合し合うかと、その構造についてCGで解説しています。 こちらは大変キレイです。 カドヘリンは大変有名なものですので、これ以外にもたくさんmovieがあります。 余裕ができたら、もう少し解説を増やしたいと思います。
細胞骨格というのは言わば細胞の骨です。 時空間的に移り変わる様々な環境に対応する為に、 この細胞骨格は時に頑丈に、時にしなやかに動かないといけないのです。 細胞骨格は３種類あります。 中間径フィラメント(intermeadiate filament(wikipedia))、微小管(microtubule(wikipedia))、アクチンフィラメント(actin filament(wikipedia))です。 今回のmovieで紹介されているのは、中間径フィラメントです。 movieにある通り、中間径フィラメントは脊椎動物や線虫や軟体動物などの後生生物のみにしかない、細胞骨格です。 そして、微小管(25nm)とアクチンフィラメント(5~9nm)の中間の太さ(10nm)です。 この中間径フィラメントの働きはmovieを見ていただければ、すぐわかると思います。 尚、このmovieでは上皮組織における中間径フィラメントの働きを中心にしておりますが、 他にも核膜における核ラミナを構成したりと、多様な働きを持っています。
蛍光波長のスペクトルをプロットできます。 そして、それぞれのProbeのFluorophoreとスペクトル適合性をcheckできるそうです。(invitrogen) 二種類あります。 一つはinvitrogenのFlurescence Spectra Viewer。 もう一つはBD BioSciencesのBD Flurescence Spectra Viewer。 どちらも自由にシミュレーションを行うことができます。 これを使用すれば蛍光の波長がどのように被ってくるのかも見る事ができます。 Fluorophoreを選んで、Excitation、Emissionを選んでいくだけで簡単です。 詳しくはまた機会があるときにしたいと思います。
invitrogenのサイトです。 Cell Staining Simulation Tool。 invitrogenの販売している蛍光色素で、細胞の染色をシミュレーションできます。とても面白いです。 こちらが元の画像。 こちらは私が染色してみた画像になります。 核：青 チューブリン：緑 ミトコンドリア：赤 ミトコンドリアがチューブリンに沿って存在しているのがわかります。 とても簡単ですので、色々いじるだけでも面白かもしれません。 染めたい部分を選んで、色(波長)を選んで、蛍光色素を選ぶだけです。
この稿の起筆昭和ニ十二年十二月一日、終筆昭和二十二年一月十七日。白血球数三十一万に達し、全身脱力はなはだしく、意識しばしばもうろうとなるをもって、文意あるいは通じがたいところがあるかもしれないが、読者のご同情とご寛容を願いつつ。ー長崎浦上にて 後記より 亡びぬものを (アルバ文庫) 広島の原爆資料館で買いもとめた。 長崎の原爆経験者で医師である永井隆博士(wikipedia)の作品。 この方が亡くなられたのは昭和二十六年五月一日。 死期を感じつつ白血病の病床の中、書かれた自伝的私小説。 その文章に込められた気持ちは揺るぎないものだと思いました。 作者がキリシタンであるため、愛についての解釈は一貫されています。 では、生きること、それじたいにある人間としての意味はなんなのだろうか。 時間的な記憶より、永久的な価値とは。。。 永井博士は科学には永久的な価値があると書いてありました。 医師として、研究者として、ひとりの人間として死に向かい合う様は心うたれます。 今、原爆というものを知らない私達の世代に伝えるべき人の姿だと感じました。
ふうちゃんは、神戸生まれの女の子。 おとうさんとおかあさんは沖縄出身で、神戸の下町で琉球料理の店「てだのふあ・おきなわ亭」を営んでいる。 やさしい常連さんたちに囲まれて明るく育ったふうちゃんだが、６年生になった頃、おとうさんが心の病気で苦しむようになる。 おとうさんの病気の原因はなんなのか？ ふうちゃんは「沖縄と戦争」にその鍵があることに気付き始める。。。 あらすじより <a href="http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4043520107/reyou1090-22/ref=nosim/" name="amazletlink" target="_blank"><img src="http://ecx.images-amazon.com/images/I/5194A4WYFFL._SL160_.jpg" alt="太陽の子 (角川文庫)" style="border: none;" /></a> 今の私たちが思い浮かべる沖縄。 沖縄の歴史をよく理解できてない多くの人は上辺だけを見ているだけかもしれません。 沖縄の平和記念公園に行ったところで、 ひめゆりの塔に行ったところで、 海軍司令部豪に行ったところで、 歴史を知らなければ、なんの意味にもならない。 教科書に書いてある戦争の年表なんてこれっぽちの意味にもならない。 そう思えた一冊。 主人公のふうちゃんは純粋で眩しい子でした。