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imageJのscaleの単位を変更する

imageJで便利な機能としてmeasureがあります。 たとえば細胞の長さを測ることもできますし、面積や重心、さらには輝度まで測れます。 どのようなものが測れるかはメニューのAnalyse>Set Measurements..から選べます。 こちらに関してはまた時間があるときに詳しく説明しましょう。 今回はimageJのscaleの調節についてですデフォルトのまま使用をするとピクセル数で長さなどが出てしまいます。 それをメートルやインチに設定しなおす方法。つまり単位の設定、変更です。

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TE 溶液の調整

Tris-EDTA buffer つまりTE溶液の作り方です。 TE溶液は基本的にDNAの溶解や保存にしようされますが、EDTAを入れる必要があるのはDNAを分解させない為です。 pHはおよそ7.2 ~ 8.0になるようにする。 (7.2からなのは一般的なTris-HCL緩衝液のpH適応範囲の為) pHは目的とする実験に依存するが、DNAの溶解、保存であれば上記の範囲であれば問題ない。 (しかしながら、多くの場合RNAにはpH7.5、DNAにはpH8.0が使われる) 普段作り置きしているTri-HCLやEDTA溶液のpHを決めておけば良いと考えられる。

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PubMedよりも便利?HighWire Press

スタンフォード大学図書館が提供する検索サービス。HighWire。もといHighWire Press。 とても使い勝手の良いサービスです。 よく使用されるPubMedとどこが異なるかというと、全文検索ができることです。 PubMedではアブストラクトまでしか見れませんから、そう考えると大変便利です。 是非、一度試してみてください。

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imageJでRGB画像を作製する

imageJでRGB画像を作製する方法です。 多くの方(私を含め)がPhotoshopやMetamorphを使っていると思うのですが、imageJでも問題なくできます。 本稿は既にRGBの各チャネルに導入するための画像を既に持っている状態を仮定して話を進めます。

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TAE緩衝液 (50 x TAE buffer, 10 xTAE buffer)

TAE緩衝液の作製方法です。 Tris Acetate ETDA つまりTAE bufferです。 名前の通り必要とされているのはトリス、酢酸、エチレンジアミン四酢酸であり、 多くの研究室では大量に使用する為に50倍の濃度で作製をしておき、適時、1倍の濃度にするよう水で薄めて使用します。 用途としては主にアガロース電気泳動用の泳動バッファーであり、室温で保存します。 今回は50 x TAE溶液 1リットルを作製するための作製方法を以下に示します。

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0.2 M リン酸ナトリウムバッファー

0.2 M リン酸ナトリウムバッファー(0.2M PB)、つまりリン酸緩衝液の作り方です。 リン酸緩衝液のpHの適応範囲は5.8~8.0で室温あるいは4℃にて保存します。 作製する際に作りたいpHになるよう下記の二種類の溶液のバランスを調整していく必要がありますので、作成する段階で決めておきましょう(基本的にはpH6.8が多いと思います)。 濃度はリン酸基で考えます。

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MetaMorphのnd FileをimageJで開く

MetaMorphのndファイル(タイムラプスなどで撮影してできたファイル)やROIファイルをimageJで開く為の方法。 MetaMorphは生物学関係の研究者の方はよく使っているソフトウェアです しかしながら、その多機能さとは裏腹にライセンスの関係で共通用のパソコンにしか入れられていないことが多いです。 ここではタイムラプスといった動画の撮影をした際に作製されるndファイルをimageJで開けるようにする方法を紹介します。 これができればMetaMorphで撮影した連続写真を自分のパソコンで開いて、さらにはimageJの機能を使って動画も作製できます。

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マウスケラチノサイトの単離と培養(初代培養)

マウスケラチノサイトの単離と培養のプロトコール。 マウスケラチノサイトの初代培養はヒトに比べて大変難しく、 継代を行うと細胞の増殖能の低下や形態変化が如実に現れます。 継代は50回以上可能であると書いてあるプロトコールもあれば、 継代は勧めないという書籍もあります。 かつては、非常にケラチノサイトの培養は難しく物理的な刺激でも、分化が始まってしまったりすると教わってきた時期もありましたが、近年では有用なmediumが増えてきており、そこまで神経質にならなくとも培養は可能です。 (それこそ継代を50回以上行いたいなどとなれば、よほど神経質に行う必要がでてくるでしょうが。。) お勧めしているのはCELLnTEC社のPCT培地です。

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山中伸弥とiPS細胞

iPS細胞にて一躍有名になられた山中伸弥博士。 2006年に米雑誌"Cell"にマウスでiPS細胞作製成功の論文をだし、その後2007年にはヒトでも成功させております。 わずか数年足らずでここまで大きな研究の分野が確立されたのは大変なことです。 今回、毎日新聞の記事にて山中博士のインタビューが乗っておりました。 研究の道筋を知ることができる貴重なものです。

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デジタル画像のフォーマットについて

基本的に研究を行う人々の多くはデジタルデータを当たり前のように使用している。 しかしながら、その割に、(私を含め)わかっていない。 でも、わかっていなくても使わなくてはならない。そんなものかと。 その気になればすぐに調べられる。でも、そんなことに時間をさく気にもならない。 そこで今回は皆様がどちらがいいのか悩む、この二つの画像フォーマット比べてみます。