imageJで測れるものは?Set Measurementsの設定

以前imageJで測る際の単位の設定を投稿しましたが、

それよりもまず、imageJで何が測れるのだろう?という疑問に答えます。

imageJで画像を開いたら、実際に測定を行ってみたい。
例えば、二点間の距離だとか 面積だとかになると思います。

そういったことを簡単に行う為にMeasureというコマンドがあります。
具体的な手順としてはツールバーからツールを選んで画像に設定し、
メニューバーのAnalyze>Measure で測定が行えるのです。
(macですとcommand + M でも測定できます)
おそらくこの作業は非常に簡単ですので、なんとなくでも可能だと思います。

しかしながら、問題は一体何が測れるか?ということでしょう。
これらはメニューバーのAnalyze>Set Measurements…で設定ができます。

さて、実際にSet Measurements..を選ぶと上記のようなウインドウができます。

それぞれがどのようなものを測定できるかは以下を参照してください。

測定の項目 測れるもの
Area 面積
Mean Gray Value 選択した領域の平均グレー値
Standard Deviation グレー値の標準偏差
Modal Gray Value 選択領域で頻度の高いグレー値
Min & Max Gray Value 選択領域における最大、最小のグレー値
Centroid 選択領域の重心
Center of Mass 選択領域の質量重心
Perimeter 選択で囲んでいる線(外周)の長さ
Bounding Rectangle 選択した枠の中で作れる最小の四角形の座標
Fit Ellipse 選択領域にフィットする楕円
Sharp Descriptors 形状記述を計算する
Integrated Density 選択した領域の全画素の総密度
Median 選択した領域の中間画素
Skewness 歪度:平均値から分布の非対称性を求める
Kurtosis 尖度:平均値から分布ピークの度合いを求める
Area Fraction  Thesholdしたハイライトの割合(%)
ハイライトのない画像で使用した場合は、画素が0でないものの割合を表示します
Stack Position スタックした画像などを使用している際にどの画像かわかるようにする

ではグレー値というものは一体なんなんだろうかと思うかもしれません。

白黒の画像を想定して考えましょう
仮に、一つの点(1画素)が真っ黒から真っ白まで だんだんと変化するとします。
これが、デジタルの世界では256通りで表わせます。
 

つまり、黒が0で、白が255になるわけです。 (感覚的には白が0を想像してしまいますが逆です)
ということでグレー値とはその256階調のうちどこにいるのかを示しています。
これは8 bitであるためなのですが、細かい事はまた時間があるときに致します。気になる方はインターネットで調べてみてください。


多くの方は画像を集めて最後にRGB合成してカラーにすると思います。
ですので、今回はカラーの場合の説明は省かせていただきます。
これもまた時間があるときに追加していこうと思います。

また実際にもとめた数値を確認する際、なにもしていなければそのままpixelつまり画素ごとにmeasureの結果がでますが、scaleの設定をしているとそれに合わせた数値が出てくるのもあります。上記に挙げた測定項目を測る際にはimageJのサイトに行って、どのような計算の元に算出しているかを調べることをお勧めします。あくまで一覧で簡単に表示しただけですので、お気をつけ下さい。
当サイトも時間を見つけてはできるだけ更新するようにしたいと思っておりますが、説明足らずの箇所が多く有ります。

関連記事

ImageJでRGB画像を作製する
imageJのscaleの単位を設定する

参考文献

RGB. (2012, January 28). In Wikipedia. Retrieved 11:51, February 4, 2012
imageJ Documentation
画像解析テキスト―NIH Image,Scion Image,ImageJ実践講座 画像解析テキスト―NIH Image,Scion Image,ImageJ実践講座
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