ライフサイエンスプロジェクト
imageJで便利な機能としてmeasureがあります。 たとえば細胞の長さを測ることもできますし、面積や重心、さらには輝度まで測れます。 どのようなものが測れるかはメニューのAnalyse>Set Measurements..から選べます。 こちらに関してはまた時間があるときに詳しく説明しましょう。 今回はimageJのscaleの調節についてですデフォルトのまま使用をするとピクセル数で長さなどが出てしまいます。 それをメートルやインチに設定しなおす方法。つまり単位の設定、変更です。
imageJでRGB画像を作製する方法です。 多くの方(私を含め)がPhotoshopやMetamorphを使っていると思うのですが、imageJでも問題なくできます。 本稿は既にRGBの各チャネルに導入するための画像を既に持っている状態を仮定して話を進めます。
MetaMorphのndファイル(タイムラプスなどで撮影してできたファイル)やROIファイルをimageJで開く為の方法。 MetaMorphは生物学関係の研究者の方はよく使っているソフトウェアです しかしながら、その多機能さとは裏腹にライセンスの関係で共通用のパソコンにしか入れられていないことが多いです。 ここではタイムラプスといった動画の撮影をした際に作製されるndファイルをimageJで開けるようにする方法を紹介します。 これができればMetaMorphで撮影した連続写真を自分のパソコンで開いて、さらにはimageJの機能を使って動画も作製できます。
基本的に研究を行う人々の多くはデジタルデータを当たり前のように使用している。 しかしながら、その割に、(私を含め)わかっていない。 でも、わかっていなくても使わなくてはならない。そんなものかと。 その気になればすぐに調べられる。でも、そんなことに時間をさく気にもならない。 そこで今回は皆様がどちらがいいのか悩む、この二つの画像フォーマット比べてみます。
imageJでcurve fittingを行うpart2です。 以前紹介したのは既に設定されている式を使う方法でした。 しかし、実際に使いたいときに限って、curve fittingの式がはいってないことがあります。 そんなときは自分で作ってしまえばいいのです。
前回は既に登録されているショートカットキーの一覧を示しましたが、 新しくショートカットキーを登録する事もできます。 まずは。。。
imageJでよく使用しているコマンドがあると、 ショートカットキーがあると便利だな、と思うようになります。 もしくはimageJにはじめからshortcut keyが割り当てられてるなんてことも。 はじめから設定されているshortcutsはこちら
imageJにてcurve fittingを行う方法を紹介します。 imageJでcurve fittingにあたっては縦軸と横軸それぞれの情報をExcelなどで作製しておくと便利です。 ではまず、メニュバーから Analyze>Tools>Curve Fitting...
以前、画像のトリミングについて投稿をしましたが、 当サイトへのアクセスにあたっては "動画のトリミング"で検索をされている方が多いようです そこで懇切丁寧なimageJ解説を目指す当サイトの方針に従い 動画のトリミングの項を作製することにしました では、はじめにimageJに動画を読み込ませましょう。 まずこの動画をimageJのプログレスバーにドラッグしてやりましょう。 よくわからない方はこちらの投稿(動画の読み込み)からどうぞ。 読み込みましたでしょうか。 使用するのは左から４つ。 四角、円、直線でつなげる、フリーハンドの四つです。 これら四つのうちどれかを選択して、画像を囲って下さい。 画像のトリミングとまったく同じです。 そして、メニューバーのImage>Crop。 これで切り抜くこと(トリミング)ができます。 ただし、気をつけていただきたいのは円形にしてもフリーハンドにしても四角の形になってしまいます。 つまり、以下のようなことです。 上記のものをCropすると下のようになります。 わかりますでしょうか？ わからない方は自分で色々試してみてください。 ちなみにEdit>Clearだと消すことができます つまり、 このように、選択範囲を決めて Edit>Clearを押してみていただけると、以下のようなウインドウが開きます Clearを全ての画像に適用しますか？とのこと。 Yesをおすと以下のように穴の開いた動画ができあがります。 (Clear Outsideだと囲った外側が消されます) さて、こうして編集しわ終わった動画にて書き出しを行ってください。 やり方は過去の投稿(連続した画像から動画を作製する)を参考にしていただければと思います。
imageJにて動画を再生する方法を紹介します。 通常はコマ送りでしか見る事ができませんが、Stackの部分に再生キーが隠れています。 動画の読み込みや作製は以前の投稿を参照してください。 画像の読み込み 連続した画像から動画を作製する では、再生の方法を。。 Image>Stacks>Start Animation これで再生できるはずです。 バックスラッシュでも再生ができるようですが、日本語環境では無理ではないかと。 Image>Stacks>Animation Options... で、再生速度も変更できます。 7 fps (frame per sec)つまり一秒間に7枚の速度で画像が切り替わるのがデフォルトになっていますので、 自由に調節してやってください。 おすすめは10、30もしくは8、24あたりでしょうか。 (一般的な規格がこれぐらいらしい？研究者には関係ないかもしれません。) 他の設定はお任せいたします。書いてある通りです。 こちらで再生速度を調節してから動画を書き出せば安心ですね。