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Journal of Visualized Experiments

研究者の人々には是非知っていただきたいこのサイト。JoVE。 もしも、始めてやる実験や上手くいかない実験があったとしたら、 是非キーワードをこのサイトで検索してみてください。 もし、ほしい結果がそこにあれば、 言葉で説明するよるも、このサイトの素晴らしさを感じることができると思います。

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imageJで使えるshortcutkey

imageJでよく使用しているコマンドがあると、 ショートカットキーがあると便利だな、と思うようになります。 もしくはimageJにはじめからshortcut keyが割り当てられてるなんてことも。 はじめから設定されているshortcutsはこちら

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imageJでcurve fittingを行う

imageJにてcurve fittingを行う方法を紹介します。 imageJでcurve fittingにあたっては縦軸と横軸それぞれの情報をExcelなどで作製しておくと便利です。 ではまず、メニュバーから Analyze>Tools>Curve Fitting...

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体細胞分裂

体細胞分裂についてのmovieを載せます。 細胞分裂(wikipedia)には簡単にいうと体細胞分裂(wikipedia)と減数分裂(wikipedia)があります。 そして、体細胞分裂は非常に私たちの体で当たり前のように起きていることなのです。 では、一体どのように働いているのか。 hybridという会社が作っているデモムービーが大変素晴らしいので、載せたいと思います。

動画の切り抜き(トリミング)

以前、画像のトリミングについて投稿をしましたが、 当サイトへのアクセスにあたっては "動画のトリミング"で検索をされている方が多いようです そこで懇切丁寧なimageJ解説を目指す当サイトの方針に従い 動画のトリミングの項を作製することにしました では、はじめにimageJに動画を読み込ませましょう。 まずこの動画をimageJのプログレスバーにドラッグしてやりましょう。 よくわからない方はこちらの投稿(動画の読み込み)からどうぞ。 読み込みましたでしょうか。 使用するのは左から4つ。 四角、円、直線でつなげる、フリーハンドの四つです。 これら四つのうちどれかを選択して、画像を囲って下さい。 画像のトリミングとまったく同じです。 そして、メニューバーのImage>Crop。 これで切り抜くこと(トリミング)ができます。 ただし、気をつけていただきたいのは円形にしてもフリーハンドにしても四角の形になってしまいます。 つまり、以下のようなことです。 上記のものをCropすると下のようになります。 わかりますでしょうか? わからない方は自分で色々試してみてください。 ちなみにEdit>Clearだと消すことができます つまり、 このように、選択範囲を決めて Edit>Clearを押してみていただけると、以下のようなウインドウが開きます Clearを全ての画像に適用しますか?とのこと。 Yesをおすと以下のように穴の開いた動画ができあがります。 (Clear Outsideだと囲った外側が消されます) さて、こうして編集しわ終わった動画にて書き出しを行ってください。 やり方は過去の投稿(連続した画像から動画を作製する)を参考にしていただければと思います。

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人体の不思議展の問題

日本で人体の不思議展(wikipedia)なるものが長い事ひらかれておりました。 私自身もこれらを見に行ったことがあり、なんともいえない気分でした。 本日ニュースにて、人体展がとりあげられていました。 なんで、今まで取り上げられなかったのか、も気になりますが。。。 しかしながら、どうあれ従来、医学を志す学生のみにしか見れなかったものが見れる訳ですから、興味がでないわけがない。 考え方をかえれば、以前紹介した医学と芸術展のように芸術系の学生にとっても、気になるものでしょう。 一方で、この人体模型が何者であるか?は大変気になる問題となっています。 youtubeに人体展と中国の人体闇市場という投稿があり、 ABCニュースをご丁寧に日本語訳をつけてあります。 気になる方は是非見てみるといいと思います。 Part1/2 Part2/2 人体展が開かれるまでの経緯についてwikipeidaに書いてある通りのことが本当だとしたら、 まさにそこにあるのは生命の尊厳とは何か?という倫理的問題でしょう。 この問題については多くのところで勃発しているようです。 とても難しく、私ができるのはこの問題があるという提起するのが精一杯です。 身元のわからない死体で展示会をしている。 でも、実際に見れるなら見てみたい。 そんな、倫理観と好奇心が混ざっております。 何が正しいかはわかりませんが、そういった事実が人体展の裏側にあるのなら、 それをよく理解した上でそこに行くべきだと思います。 何も考えずに模型をただ触るのだとしたら、それはよくないと思います。 ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー 毎日新聞の記事より 京都市勧業館みやこめっせで開催されている「人体の不思議展」(同展実行委員会主催)の人体標本が死 体に当たり、特定場所以外での保存を規制する死体解剖保存法に抵触する恐れがあるとして、京都府警が捜査していることが19日、府警への取材で分かった。 厚生労働省は展示の標本が死体に当たるとの見解を示している。 同展は遺体を特殊加工した標本など約170点を展示。同法は大学など以外で遺体を保存するには都道府県などの許可が必要と定めているが、京都市に許可申請は出ていない。 同展は02年から全国35会場で開かれ約650万人が入場。京都展は昨年12月4日に始まり、展示を問題視する京都府保険医協会などが昨年12月、告発状を提出した。府警は受理していないが、厚労省へ照会するなど独自に捜査を進めている。 厚労省医事課は取材に対し「『保存』の解釈は難しく、展示が違法かどうかは司法判断になる」と説明。同展会場事務局は取材に「答えられる人間がいない」と話している。【林哲平】 毎日新聞 2011年1月19日 20時20分

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ミトコンドリア

Powering the Cell: Mitochondria XVIVOAnimationがミトコンドリアのmovieを紹介しております。 ミトコンドリア(wikipedia)は真核生物には必須の細胞小器官であります。 また、独自の遺伝子をもっており、このミトコンドリアDNAが母性遺伝であるのは有名な話であります。 是非、ミトコンドリアの役割とサイズを知っておいて、このmovieを見てもらえると面白いでしょう。 wikipediaをはじめ色々簡単に調べられると思います。

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MPEG Streamclip

様々な動画を再生することができる優れもののソフトです。 しかも、編集もかなり使い易いです。 編集の使い方などに関してはこちらのサイトを見ていただければと思います。 とても丁寧に書いてくださっています。 わかばマークのMacの備忘録 こちらで紹介するのはFileの圧縮(+おまけ)についてです。 動画のファイル形式をかえたい。。。 投稿するにはサイズが重すぎる。。。 これを読めばそういった問題を解決できるかもしれません。 まずは動画を取得するところから始めます。(おまけ) 先に紹介したサイトではyou-tubeから動画を取得していましたが、 もちろんそれ以外のサイトからも取得可能です。 今回はThe Journal of Cell BiologyのbiosightというPodcastから動画を取得してみます。 やり方は簡単で、動画が再生されるpageのURLをコピー。 MPEG Streamclipを開いて、 File>Open URLを選択。 Openにcheckを入れて単に再生でもいいのですが、それよりはDownloadしましょう。 URLをペーストシテ、形式はMP4にしてDownloadを押すと。。。 MPEG4にて簡単に保存ができます。 この形式にすれば再生も簡単。 同じ事が例えばsupplementdataのMovieを取得することにも使えます。 (大体フツーにdownloadできるでしょうけど。笑) さて、ここまでがおまけです。 ここから本題に入りたいと思います。 形式の変換、およびファイルを軽くすること。 形式は簡単に選べます。 File>Export〜で好きな形式を選んでください。 mov形式がよければQuicktimeに選んでくださいね。 選ぶと次の画面が出てきます。 今回はこの設定でやってみました。 Compression(圧縮形式)はH.264が一番いいと思います。 もしもこの圧縮形式が原因で再生できないなどあれば、他のものを試してみてください。 Qualityはそのまま画質を表します。高画質にすれば容量も大きくなるので気をつけてください。 Soundについても必要があれば圧縮をしてください。 私はあまり詳しくないのですが、今回のmovieはSoundを非圧縮にて保存したら、ファイルが軽くならずに重くなりました。 これは今回使っているファイルがもともと圧縮されて保存さてた為だと思います。 同様のことが映像に関してもいえると思われるので、今回の圧縮率はそれほど期待ができなかったです。 結果はこちら、 44MBから25MBへ。 普段はほぼ非圧縮のdataを圧縮するので、 10分の1以下なんてこともあったりするのですが、 流石にそこまでは行けませんでした。笑 画像を回転させたり、文字を入れたりもできますが、 それについては先ほど紹介したサイトをご利用ください。 わかばマークのMacの備忘録 より効率的に圧縮するのに良い設定が見つかりましたら、 是非ご一報いただけると幸いです。 私もまだまだ使いこなせてませんので、宜しくお願いします。 ダウンロードはこちらから。 私が使っているのはMPEG Streamclipのmac用の1.9.2です。

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ApE- A Plasmid Editor

Ape- A plasmid editor こんなに便利なソフトがあって良いのでしょうか、と思うぐらい便利です。 研究者はGENETYXを利用される方が多いかもしれませんが、Apeはフリー(無料)で使用できます。 しかしながら、GENETYXと違ってアミノ酸配列解析はできないという欠点もあります。 このソフトの一番私が気に入っているのはABIのシークエンサーの波長を読み取ることができます。 ABIのソフトは共通のパソコンに入っているため、夜中などに使いたくても使えないといった問題がありましたが、 このApeを手に入れてからは大分楽になりました。 といっても、正直、私はあまり使わないので、困っていないのですが、他に良い事悪い事などあれば教えてください。 使い方は時間があるときに書こうと思います。 今回はご紹介までに。