ApE- A plasmid editorの続編です。GENETYXとの違いは、以前紹介しました。
ApEは非常に便利なツールですが、日本語ベースの紹介がないようです。
細かく紹介をするほど の余裕はないのですが、ApEのサイト(2012/01/20時点)に出ている紹介を日本語化しておきます。
普段、私が使わない機能も入っていますので、何か表現に違和感などありましたらコメントしてくださると幸いです。
わかりにくい説明は元のサイトと同じ作りで日本語化したので、そちらに戻って見比べてみてください。
テクニックなどについての質問は元のサイトに書いてあるとおり、ApE-Wikiを利用するといいでしょう。
以下に表示する全ての画像は ApEのサイトより引用しました。
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- システム：Windows (XP, Vista and 7) and Mac (OS X v10.5 and above)にて使用可能
- Edit window(左の図)にて制限酵素サイトのハイライト表示
- チェックを入れることでDamやDcmによって使えない制限酵素サイトを反映させる
- 自分で決めておいた配列や作っておいた配列リストのハイライト表示も可能
- 選んだDNA配列部位のtranslation(アミノ酸への翻訳), Tm値, GC含有量(%), ORFを表示
- DNA Strider, Fasta, Genbank and EMBLといった各種ファイルを読み込む
- ファイルのSaveはDNA Strider-compatible か Genbank のファイルフォーマットで可能
- genbankやemblファイルからの情報でハイライトをつけたりグラフィックマップができる。
- 選んだ配列をNCBIかwormbaseでそのままBLASTにかけることができる
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- Text map(右の図)ではDNAの配列などを表示
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- 環状もしくは線状の制限酵素地図を作製
- 表示されている情報はダブルクリックするとテキストのデータにリンク
- 作製したグラフィックは encapsulated postscript か scalable vector graphicsといったファイルフォーマトでSaveできる
- Windows metafilesとしてもCopyやSaveが可能 (Windowsユーザーのみ)
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- DNA配列の制限酵素処理のデモができる
- 設定しておいた(もしくは始めから入っている)DNAのラダーパターンの表示も可能
- 表示されたバンドをだぶるクリックするとリンクされているテキストにとぶ
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- ABIのシークエンス配列を読み込んで表示することが可能(左の図)
- ABIのシークエンスをreferenceシークエンスと比較できるようAlignmentを表示することができる
さらに表示された結果で気になる入れるがあった際に、その文字をクリックすればすぐに元(左)の図のその場所に戻れる
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- 左のウィンドウを用いる事で選んだ制限酵素サイトを開いている全てのウィンドウでマッチング可
- snip-SNP detectionやdiagnostic digestsのために一部の配列カットしたうえでサイトを選択することもできる
- 自分で(例えばよく使う酵素の)グループ化
- 新しく制限酵素の名前を追加
- REBASEからのDNA Strider ファイルフォーマットを読み込んで追加
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その他の特徴:
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- ApEで使用する以下のウインドウはそれぞれ対応する配列でリンクしあっている
- Graphic Maps
- Text maps
- Virtual Digests
- Alignments (including ABI sequences)
- Silent Sites
- Translation
- Primer Find
- ユーザー側でできること
- 簡単に配列の注釈がつけることができる
- プアイマー作製の際に、検索やハイライト表示が簡単
- 選択しておいた配列を、素早く効率的に、見る事ができる
- Graphic Mapsではプライマーの結合する部位などを簡単に表示
- 特定のDNA配列のみを翻訳することが可能
- プライマー作製に適した配列を探す事ができる(length, Tm, %GC, self/other complementarityなど)
- ABIのファイルを含め、二つのDNA配列をAlignment。Alignmentの結果は元のデータとリンク
- translationally silent restriction sitesを発見できる
- ORFマップを作製できる
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