Gel Loading Buffer(ゲルローディングバッファー, ブルージュース, dye)の調整方法です。
DNAなどの電気泳動の際にサンプルと混ぜ合わせてアプライします。
何故、これを加える必要があるかというと、
第一に、グリセロール(もしくはショ糖)が入っていることにより、DNAがゲルに入り込む前に浮いてしまうのを防ぐためです。
第二に、色素が加えてあるので、電気泳動をした際にどれぐらい泳動が進行しているかを目で確認することができます。
色素としてよく使われているのはブロモフェノールブルー(BPB：wikipedia)とキシレンシアノール(XC：wikipedia)が挙げられます。
BPBは1%アガロースゲルで電気泳動を行うと約500bpのDNAとほぼ同じ速度で移動します。
一方、XCは1%アガロースゲルで4000bp と同じぐらいと言われております。
ゲルの%によっても変動しますので、あくまで参考となりますが、XCは必要性を感じなければ入れなくても問題ないでしょう。
私は基本的にXCは除いて作製しております。
試薬調整にてEDTAを加えるのは試料を安定に保つためです。
グリセロールやショ糖は上記にある通り試料の比重をあげるためです。
以下に調整例を示します。
[Materials]
| 10 x Gel Loading Buffer | ||
| 試薬もしくは溶液 | 使用量(10mL) | 最終濃度 |
| Bromophenol blue (BPB) | 25 mg | 0.25 % (w/v) |
| Xylene cyanol FF (XC) | 25 mg | 0.25 % (w/v) |
| 500 mM EDTA* | 0. 1 ml | 5 mM |
| Glycerol(グリセロール) (もしくはショ糖) ** |
3 ml (4 g) |
30 % (v/v) (40 % (w/v)) |
* 最終濃度は1 mMで調整するプロトコールもあります
**フィコールを加えるプロトコールもあります
[Method]
- BPB, XC, EDTAの各試薬を混合していく
- 溶けきった後、スクロースもしくはグリセロールを溶かす。(1. と一緒でも構わない)
- 10 mL になるよう超純水でメスアップ。
- これをstock液として保存する。
保存にあたっては基本的に常温で問題ありません。しかしながら、一度に大量に作製した場合や使用頻度が少ない場合は4℃にて保存をしておけば安心です。(相当な長期保存であれば-20℃での保存をお勧めします)
参考文献
| ・ | キシレンシアノール. (2011, May 19). In Wikipedia. Retrieved 11:29, January 15, 2012, from wikipedia日本語版 | ||
| ・ | ブロモフェノールブルー. (2012, January 9). In Wikipedia. Retrieved 11:32, January 15, 2012, from wikipedia日本語版 | ||
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