imageJ一覧

imageJで二点間の距離を測る

imageJで距離の測り方です。 例えば、こんな図があるとします。 どの点からどの点が一番長いですか。 もちろん定規をパソコンに当てて測っても良いですが、 imageJを使えば簡単に距離を測ることができます。

imageJにプラグインを導入する

imageJにプラグインを導入する際の手順を紹介します。 imageJの素晴らしい所は様々なプラグインが公開されていることにあります。 例えばimageJのホームページでプラグインのページを見てください。 そのプラグインの数に驚くと思います。 これらを利用すれば大方の悩みは解決できてしまいます。 そのための手始めとして、 今回はプラグインの導入方法を紹介します。

imageJで細胞数等を数えるCell Counter

"画像の中にある細胞の数を数えたい" ImageJなら自動で検出できます。 しかしながら、 "細胞の種類ごとに分けて数を数えたい" こうなるとなかなか難しくなります。 もちろん頑張れば自動で検出できるようになるかもしれません。 ですが、自分で数えたほうが明らかに早いときがあります。手で数えても後でExcel用に打ち込み直すのも大変です。 こんな時に便利なのがImageJのプラグイン、Cell Counterです。

imageJをダウンロードする( Mac OS X )

imageJのダウンロード方法を詳しく説明します。 概要についてはimageJ-introduction-にて説明しているのでそちらを確認してください。 今回は記事を作製した際の、macのversionは"OS X 10.8"になります。 ですが、ほとんどのmacと変わらないはずですから、 そのまま流れに合わせていただければ問題ありません。

imageJでバンドパターンを測る

上記のようなタンパク質の場合にしても、 DNAの場合にしても、 バンドパターンの解析を行うためには、 画像の見た目だけでなく、 定量的な測定を求められることが多々あります。 それぞれのピークの面積まで算出しています。 わかりやすところですと、 テロメアの解析などが良く使用されるのではないでしょうか。 imageJにはAnalyze>Gelsという専用のツールが入っており、 簡単に測定をすることができます。 今回は、SDS-PAGEの画像を利用して、 バンドパターンの測定方法を示していきます。

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imageJで測れるものは?Set Measurementsの設定

以前imageJで測る際の単位の設定を投稿しましたが、 それよりもまず、imageJで何が測れるのだろう?という疑問に答えます。 imageJで画像を開いたら、実際に測定を行ってみたい。 例えば、二点間の距離だとか 面積だとかになると思います。 そういったことを簡単に行う為にMeasureというコマンドがあります。 具体的な手順としてはツールバーからツールを選んで画像に設定し、 メニューバーのAnalyze>Measure で測定が行えるのです。 (macですとcommand + M でも測定できます) おそらくこの作業は非常に簡単ですので、なんとなくでも可能だと思います。 しかしながら、問題は一体何が測れるか?ということでしょう。 これらはメニューバーのAnalyze>Set Measurements...で設定ができます。