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ApE- A plasmid editorの続編です。GENETYXとの違いは、以前紹介しました。 ApEは非常に便利なツールですが、日本語ベースの紹介がないようです。 細かく紹介をするほど の余裕はないのですが、ApEのサイト(2012/01/20時点)に出ている紹介を日本語化しておきます。 普段、私が使わない機能も入っていますので、何か表現に違和感などありましたらコメントしてくださると幸いです。 わかりにくい説明は元のサイトと同じ作りで日本語化したので、そちらに戻って見比べてみてください。 テクニックなどについての質問は元のサイトに書いてあるとおり、ApE-Wikiを利用するといいでしょう。

様々な動画を再生することができる優れもののソフトです。 しかも、編集もかなり使い易いです。 編集の使い方などに関してはこちらのサイトを見ていただければと思います。 とても丁寧に書いてくださっています。 わかばマークのMacの備忘録 こちらで紹介するのはFileの圧縮(＋おまけ)についてです。 動画のファイル形式をかえたい。。。 投稿するにはサイズが重すぎる。。。 これを読めばそういった問題を解決できるかもしれません。 まずは動画を取得するところから始めます。(おまけ) 先に紹介したサイトではyou-tubeから動画を取得していましたが、 もちろんそれ以外のサイトからも取得可能です。 今回はThe Journal of Cell BiologyのbiosightというPodcastから動画を取得してみます。 やり方は簡単で、動画が再生されるpageのURLをコピー。 MPEG Streamclipを開いて、 File>Open URLを選択。 Openにcheckを入れて単に再生でもいいのですが、それよりはDownloadしましょう。 URLをペーストシテ、形式はMP4にしてDownloadを押すと。。。 MPEG4にて簡単に保存ができます。 この形式にすれば再生も簡単。 同じ事が例えばsupplementdataのMovieを取得することにも使えます。 (大体フツーにdownloadできるでしょうけど。笑) さて、ここまでがおまけです。 ここから本題に入りたいと思います。 形式の変換、およびファイルを軽くすること。 形式は簡単に選べます。 File>Export〜で好きな形式を選んでください。 mov形式がよければQuicktimeに選んでくださいね。 選ぶと次の画面が出てきます。 今回はこの設定でやってみました。 Compression(圧縮形式)はH.264が一番いいと思います。 もしもこの圧縮形式が原因で再生できないなどあれば、他のものを試してみてください。 Qualityはそのまま画質を表します。高画質にすれば容量も大きくなるので気をつけてください。 Soundについても必要があれば圧縮をしてください。 私はあまり詳しくないのですが、今回のmovieはSoundを非圧縮にて保存したら、ファイルが軽くならずに重くなりました。 これは今回使っているファイルがもともと圧縮されて保存さてた為だと思います。 同様のことが映像に関してもいえると思われるので、今回の圧縮率はそれほど期待ができなかったです。 結果はこちら、 44MBから25MBへ。 普段はほぼ非圧縮のdataを圧縮するので、 10分の1以下なんてこともあったりするのですが、 流石にそこまでは行けませんでした。笑 画像を回転させたり、文字を入れたりもできますが、 それについては先ほど紹介したサイトをご利用ください。 わかばマークのMacの備忘録 より効率的に圧縮するのに良い設定が見つかりましたら、 是非ご一報いただけると幸いです。 私もまだまだ使いこなせてませんので、宜しくお願いします。 ダウンロードはこちらから。 私が使っているのはMPEG Streamclipのmac用の1.9.2です。

Ape- A plasmid editor こんなに便利なソフトがあって良いのでしょうか、と思うぐらい便利です。 研究者はGENETYXを利用される方が多いかもしれませんが、Apeはフリー(無料)で使用できます。 しかしながら、GENETYXと違ってアミノ酸配列解析はできないという欠点もあります。 このソフトの一番私が気に入っているのはABIのシークエンサーの波長を読み取ることができます。 ABIのソフトは共通のパソコンに入っているため、夜中などに使いたくても使えないといった問題がありましたが、 このApeを手に入れてからは大分楽になりました。 といっても、正直、私はあまり使わないので、困っていないのですが、他に良い事悪い事などあれば教えてください。 使い方は時間があるときに書こうと思います。 今回はご紹介までに。

蛍光波長のスペクトルをプロットできます。 そして、それぞれのProbeのFluorophoreとスペクトル適合性をcheckできるそうです。(invitrogen) 二種類あります。 一つはinvitrogenのFlurescence Spectra Viewer。 もう一つはBD BioSciencesのBD Flurescence Spectra Viewer。 どちらも自由にシミュレーションを行うことができます。 これを使用すれば蛍光の波長がどのように被ってくるのかも見る事ができます。 Fluorophoreを選んで、Excitation、Emissionを選んでいくだけで簡単です。 詳しくはまた機会があるときにしたいと思います。

invitrogenのサイトです。 Cell Staining Simulation Tool。 invitrogenの販売している蛍光色素で、細胞の染色をシミュレーションできます。とても面白いです。 こちらが元の画像。 こちらは私が染色してみた画像になります。 核：青 チューブリン：緑 ミトコンドリア：赤 ミトコンドリアがチューブリンに沿って存在しているのがわかります。 とても簡単ですので、色々いじるだけでも面白かもしれません。 染めたい部分を選んで、色(波長)を選んで、蛍光色素を選ぶだけです。