MetaMorphのnd FileをimageJで開く

MetaMorphのndファイル(タイムラプスなどで撮影してできたファイル)やROIファイルをimageJで開く為の方法。

MetaMorphは生物学関係の研究者の方はよく使っているソフトウェアです

しかしながら、その多機能さとは裏腹にライセンスの関係で共通用のパソコンにしか入れられていないことが多いです。

ここではタイムラプスといった動画の撮影をした際に作製されるndファイルをimageJで開けるようにする方法を紹介します。

これができればMetaMorphで撮影した連続写真を自分のパソコンで開いて、さらにはimageJの機能を使って動画も作製できます。

1.  MetaMorphから撮影したndファイルおよび付随する連続画像の撮影データをフォルダごと回収しておく。
2. imageJのplug-inのサイトからnd Stack BuilderのimageJ Documentation Wikiにとぶ。
3. Downloadという項目にThe plugin is available from hereというリンクがあるのでそこからダウンロード。 (このリンクから直接ダウンロードできます。)
4. jarのダウンロードが終わったら、jarをimageJのplugins folderにいれる。
5. imageJのmenuのHelpにあるUpdate menuをクリック。
   
   
6. するとmenuのFile/imageに新しい項目であるMetamorph nd file(stack builder)とMetamorph ROIができる。
   
7. あとは開きたいndファイルを選択して、必要事項を決める。
   
8. OKを押すとTIFファイルに変換後のファイルをどこに保存するかを選ぶ。
9. これもOKを押すと、ndファイルでしか開けなかった連続動画がimageJで見られるTIFになっている。
   (このTIFファイルは一つのファイルの中に連続画像がそのまま入っている。)
10. 保存したファイルをimageJで開けば自由に扱えるようになる。

できあがったFILEは先に書いてある通り一つのファイルに連続画像が入っていますので、Save as..からバラバラにして保存しなおすことも可能ですし、動画を作製することも可能です。